Il PCB, di colore nero, ha un layout più convenzionale; la posizione del northbridge è leggermente diversa rispetto alla scheda top di casa Gigabyte.
I quattro slot di memoria DDR3 supportano fino a 32 GB con frequenze operative di 2000(O.C.)/1866/1600/1333/1066 MHz.
La scheda supporta le configurazioni multi-GPU sia di casa NVIDIA che AMD: 3-way SLI o CrossFireX.
La GA-990FXA-UD5 ha a disposizione cinque slot PCI-E x16 2.0: sulle connessioni 1-3-5 gli slot lavorano in modalità x16/x16/no oppure x16/x8/x8. I connettori centrali (2 e 4) lavorano in modalità x4. Completano le connessioni un PCI-E x1 ed un PCI.
Per il reparto storage la scheda offre otto porte SATA 6 Gb/s, di cui due gestite dal controller Marvell 88SE9172. Quest'ultimo controlla anche le due porte eSATA 6 Gb/s situate nel pannello posteriore della mainboard.
Oltre a numerose porte USB (2.0 e 3.0) ed una porta FireWire, nel pannello posteriore troviamo le uscite audio da 8+2 canali gestiti dalla scheda audio integrata Realtek ALC889.
La scheda ATX, come molte altre motherboard Gigabyte, dispone di diverse features, che sono consultabili sul sito Gigabyte.com.